Xã Quế Xuân 2 được thành lập ngày 12 tháng 1 năm 2004 trên cơ sở các thôn 6, 7, 8, 9, 10 của xã Quế Xuân cũ.[1]

Trong năm 2004, thực hiện việc tách và đổi tên thôn:

• Thôn 6 tách thành ba thôn Hòa Mỹ Đông, Hòa Mỹ Tây, Hòa Dưỡng
• Thôn 7 đổi tên thành thôn Phú Lộc
• Thôn 8 đổi tên thành thôn Phú Bình
• Thôn 9 đổi tên thành thôn Phú Nguyên
• Thôn 10 tách thành 3 thôn Thượng Vĩnh, Phú Mỹ, Tân Mỹ.

Năm 2018, Hội đồng nhân dân tỉnh Quảng Nam ban hành Nghị quyết 42/NQ-HĐND về thành lập thôn, tổ dân phố ở tỉnh Quảng Nam[5]. Theo đó, sắp xếp các thôn ở xã Quế Xuân 2 như sau:

• Thành lập thôn Phú Vĩnh trên cơ sở sáp nhập toàn bộ diện tích, dân số của thôn Thượng Vĩnh và thôn Tân Mỹ
• Thành lập thôn Hòa Mỹ trên cơ sở sáp nhập toàn bộ diện tích, dân số của thôn Hòa Mỹ Đông, thôn Hòa Mỹ Tây và thôn Hòa Dưỡng.

Sau khi sắp xếp, xã Quế Xuân 2 có 6 thôn: Phú Vĩnh, Hòa Mỹ, Phú Mỹ, Phú Nguyên, Phú Bình, Phú Lộc.